吴江区交通运输局主要承担以下职能；
（一）贯彻执行党和国家有关交通运输的方针政策、法律法规，组织起草交通运输规范性文件，拟订交通运输行业有关政策并监督实施，承担全区交通运输行业体制改革工作。
（二）拟订全区交通运输行业科技与信息化政策、规划和规范并组织实施，组织重大交通科技项目攻关。承担交通运输行业信息化项目的建设与管理。监督实施交通运输行业质量、技术、环保、节能减排工作。
（三）承担全区交通运输行业队伍建设、精神文明建设、作风建设工作。
（四）组织编制全区综合交通运输体系规划，组织拟订并监督实施公路、航道、港口、民用航空、交通物流业等行业规划，参与拟订铁路、轨道交通规划。组织编制城乡客运发展规划，拟订城乡客运有关设施的规划及交通运输枢纽规划。会同有关部门编制交通运输固定资产投资计划。负责交通运输行业统计和信息发布工作。
（五）组织实施国家、省、市、区重点和大中型交通运输基础设施建设。负责全区交通运输基础设施建设和维护的行业管理，监督交通建设工程的质量与安全。负责全区港口岸线、陆域、水域交通运输的统一管理工作。
（六）负责全区交通运输行业安全生产的监督管理。承担并指导全区交通运输行业应急处置工作，组织实施重点物资运输和紧急运输任务，组织协调节假日运输等重大交通保障工作。
（七）负责全区铁路建设项目的组织协调工作。承担区国防动员委员会交通战备办公室工作。
（八）贯彻落实上级关于交通运输行业的投融资政策和规费政策并监督实施。协调并参与交通运输建设资金筹集。负责交通运输预算资金的申请、拨付和监管。负责公路的营运监管。承担交通运输行业内部审计工作。
（九）承担全区道路、水路运输市场监管职责。负责城乡公交、客运出租汽车和轨道交通运营等行业管理工作。承担交通运输枢纽管理工作。监督实施有关交通物流业政策和标准。
（十）承担全区交通运输综合行政执法工作。负责全区通航水域的水上安全监督、内河救助打捞、船舶防污监督管理工作。
（十一）完成区委、区政府交办的其他任务。
（十二）职能转变。深化相对集中行政许可权改革，建立行政审批与监管协调联动机制。区行政审批局负责划转事项的行政审批过程和结果，并将相关信息同步推送至区交通运输局，区交通运输局将事中事后监管结果推送给区行政审批局。区交通运输局在区行政审批局行使行政许可权过程中提供法律法规、政策依据、技术服务等综合支撑，按照审批结果及时开展事中事后监管，承担监管主体责任。
（十三）与区农业农村局的有关职责分工。区交通运输局做好渔船检验相关衔接工作，区农业农村局负责渔船检验和监督管理工作。
